Tier- und Artenschutz
Der Tier- und Artenschutz gehören zu den wichtigsten Aufgaben eines Zoos. Neben Schutz und Pflege hilfsbedürftiger Einzeltiere kommt es hier besonders auf den langfristigen Erhalt bedrohter Arten an.
Zuchtprogramme für Wildtiere
Häufig sind dies Arten, die derzeit keinen Platz in der freien Wildbahn finden. Gemeinsam mit anderen Zoos versucht der Zoo Stralsund stabile Populationen aufzubauen. Neben der Möglichkeit diese Tierarten genauer zu erforschen, können in einigen Fällen Exemplare wieder in geeignete Biotope ausgewildert werden. In derartige Zuchtprogramme ("EEP"s) sind beispielsweise die Chinesischen Leoparden oder die Syrischen Braunbären integriert.
Zuchtprogramme für Haustierrassen
Ähnlich wie bei den bedrohten Wildtieren, gibt es auch für seltene, vom Aussterben bedrohte Haustierrassen vergleichbare Erhaltungsprogramme. Beispiele sind die Kaukasischen Zwergzebus, das Rauhwollige Pommersche Landschaf oder die Weißen Barockesel.
Aufnahmestation für verletzte Tiere
Aktuell wird eine Aufnahmestation für hilflose und verletzte Wildtiere im Zoo Stralsund konzipiert. Pro Jahr kommen etwa 100 Wildtiere in den Zoo, von denen ein Großteil gesund gepflegt und wieder ausgewildert werden kann.
Weiterhin unterstützt der Zoo mehrere Beweidungsprojekte mit verschiedenen Haustierrassen zur Biotoppflege und es wurde eine Dohlenkolonie für baumbrütende Dohlen und ein künstliches Fledermausquartier errichtet.